Par exemple, je fabrique deux facteurs :
> trt <- gl(2, 10, labels = c("Trt A", "Trt B"))[sample(1:20)]
> trt
[1] Trt B Trt B Trt B Trt A Trt A Trt A Trt B Trt B Trt A Trt B Trt A Trt A
[13] Trt B Trt B Trt A Trt A Trt B Trt B Trt A Trt A
Levels: Trt A Trt B
> sex <- gl(2, 10, labels = c("M", "F"))[sample(1:20)]
> sex
[1] M F M M M F M F F F F M M F M M M F F F
Levels: M F

Pour créer une variable regroupant les combinaisons de trt et sex :
> interaction(trt, sex, sep = "/")
[1] Trt B/M Trt B/F Trt B/M Trt A/M Trt A/M Trt B/F Trt A/M Trt A/F Trt B/F
[10] Trt A/F Trt A/F Trt A/M Trt A/M Trt B/F Trt B/M Trt B/M Trt B/M Trt A/F
[19] Trt A/F Trt B/F
Levels: Trt A/M Trt B/M Trt A/F Trt B/F
L'argument sep indique le(s) caractère(s) de séparation (ici /).

Ou plus simplement :
> trt:sex
[1] Trt B:M Trt B:F Trt B:M Trt A:M Trt A:M Trt A:F Trt B:M Trt B:F Trt A:F
[10] Trt B:F Trt A:F Trt A:M Trt B:M Trt B:F Trt A:M Trt A:M Trt B:M Trt B:F
[19] Trt A:F Trt A:F
Levels: Trt A:M Trt A:F Trt B:M Trt B:F
qui est équivalent à
> interaction(trt, sex, sep = ":")
Cette dernière syntaxe ne fonctionne évidemment qu'avec deux facteurs.